目前市场上很多不专业的商家都把一些低档碧玺和水晶一起来销售，并给客户介绍说碧玺就是水晶的一种。使得很多人都认为碧玺就是一种价格不高的水晶。实际上这是不对的，碧玺和水晶根本就是两种不同的矿物。在珠宝界里碧玺属于中高档宝石，优质的碧玺比钻石还要稀少。水晶则属于一般的宝石。

两者的化学成分也不同，碧玺是一种复杂的硅酸盐，水晶是一种无色透明的大型石英结晶体矿物。水晶的主要化学成份是二氧化硅，当二氧化硅结晶完美时就是水晶;二氧化硅胶化脱水后就是玛瑙;二氧化硅含水的胶体凝固后就成为蛋白石;二氧化硅晶粒小于几微米时，就组成玉髓、燧石、次生石英岩。

由于碧玺的化学成分复杂，目前还没有合成碧玺的出现。而合成的水晶饰品则遍布很多市场。1768年，瑞典著名科学家林内斯发现了碧玺受热具有压电性和热电性，因而矿物学名称为“电气石”。水晶则没有这种效应。碧玺的颜色也比水晶丰富许多，细分多达15种复色之多。碧玺的硬度也高于水晶，另外碧玺的磁场是同色系水晶的几十倍至上百倍。